对水稻BT型和WA型细胞质的雄性不育系，相应保持系和恢复系以及杂种的mtD-NA用12个线粒探针进行了RFLP分析，结果如下：（1）BT型和WA型不育系的mtDNA在组织结构上存在差异；（2）不育系的mtDNA与其保持系间存在显著差异，推测mtDNA与水稻的cms有关；（3）atp9探针检测到WA型不育系与F1之间的多态性，Frag36探针检测到BT型不育系与F1之间的多态性，Frag9探针检测到WA型和BT型不育系与其F1之间的多态性，证明核恢复基因影响mtDNA的结构；（4）对mtDNA的结构变异与细胞质雄性不育的关系进行了分析与探讨。